Цитата: подняла все начисления ,все распечатки. Это НДФЛ с зарплаты.В ноябре начислен ндфл меньше на эту,выплатили сотруднику больше.потом видимо исправили начисления НДФЛ, отсюда и разница пошла. Разобрались судя по всему когда год закрывали.
Теперь все понятно.
Цитата: В письме писать что ошибка бухгалтера или сбой программы
Не важно, что именно Вы напишите, выбирайте любой из вариантов, потому что имеет место факт несвоевременного удержания НДФЛ, за что полагается штраф в размере 20% от несвоевременно удержанной суммы по статье 123 НК + пени по статье 75 НК.
Цитата: что суммы удержаны и перечислены в 1 квартале 2017?
Напишите и это. И добавьте, что подана (будет подана) уточненная справка 2-НДФЛ за 2016 год. Если бы ее своевременно подали, то и вопроса со стороны ФНС могло бы и не возникнуть.
Цитата: Или позвонить в налоговую объяснить ситуацию и спросить как лучше сделать?
Не имеет смысла звонить налоговикам.
Во-первых, как говорится, слова к делу не пришьешь, телефонные советы ни к чему не обязывают.
Во-вторых, все равно не избежать штрафа по статье 123 НК.
В сложившейся ситуации основная задача - не оставить внимания уведомление ФНС. Последствия предсказуемы.